本校創立於民國35年5月20日,名為澎湖縣立白沙初級中學,校址設於白沙鄉赤崁村,35年8月至38年7月孫鳴先生為首任校長,在位3年。38年秋,改為澎湖縣立補習學校,課程仍如初級中學規劃。38年8月至39年7月徐冬濟先生為第二任校長,在位1年。39年8月至40年4月鄭捷先生為第三任校長,在位9個月。40年5月至41年7月郭日熙三先生為第四任校長,在位1年3個月。
41年8月至47年7月王文國先生為第五任校長,在位6年。44年冬,任內改制為澎湖縣立初級中學。47年8月至48年8月杜家驤為第六任校長,在位1年。48年8月至50年6月盧明星先生為第七任校長,在位1年11個月,縣府以本校校地不易擴展,乃擇於馬公東衛新建校舍,稱為第一部,50年2月,奉準第一部獨立為「澎湖縣立馬公初級中學」;赤崁原址僅留兩班稱第二部,由盧明星先生任。本校復原名為「澎湖縣立白沙初級中學」,50年6月1日至55年7月祁伯庸先生接掌本校第八任校長,在位5年1個月。52年6月奉令設立西嶼分校,至57年2月請准西嶼分部獨立設校。55年8月至57年7月吳錦明先生代理校長,在位2年。57年8月至58年7月胡福氣先生代理校長,在位1年。
57年9月,政府開始實施九年國教,本校奉命改稱「澎湖縣立白沙國民中學」,同時,設立吉貝分部,並得地方贈獻新校地6千餘坪,籌建鎮海分部。58年8月,祁伯庸因案無罪復職至59年8月,再任職1年。59年9月至65年3月蔡善郎先生為第九任校長,在位4年3個月,致力於赤崁本部重建。民國63年8月鎮海分部及65年8月吉貝分部相繼獨立設校。65年3月至9月曾森達先生為第十任校長,在位6個月。65年9月至69年8月鄭凱元先生為第十一任校長。69年9月至72年2月郭泮接先生為第十二任校長,在位2年5個月。
72年2月至82年9月謝乾坤先生為第十三任校長,在位10年7個月,為在任最久之校長。79年設置鳥嶼分部。82年9月至85年2月陳耀明先生為第十四任校長,在位2年5個月。85年3月至91年7月許德便先生為第十五任校長,在位6年6個月。91年8月1日至94年7月31日孫仲篪先生為第十六任校長並在本校退休,在位3年。[1]民國91年8月1日鳥嶼分部獨立設校。
94年8月1日至102年7月31日顏文志先生為第十七任校長,在位8年。102年8月1日至107年7月31日仰瓊宜女士為第十八任校長,在位5年,是本校首任女校長,以營造學生快樂、多元學習的環境為要務。107年8月1日至113年7月31日葉天文先生為第十九任校長,在任6年,以建構多元學習的校訂課程並推動雙語國際教育為治校主軸。
113年8月1日陳冠全先生接任第二十任校長。接續歷任校長傳承之優良學風,重視學生個人的潛能,讓每個孩子都能發揮自身的才華,成就自己、將己身的亮點放光、放亮,治校理念以推動品格教育為始,以「尊師重道」、「友愛同學」、「循規蹈矩」、「發揮公德」為主軸,培養學生誠信、負責、認真、主動關懷他人的生活素養,營造一溫馨、和諧、有活力的友善校園環境。一方面落實學科基礎教育,另一方面提供多元學習的場域,引進木球、法式滾球等運動課程,培養孩子們的毅力與團隊合作的精神;持續推動藝文課程,用音樂陶冶人生、用各類文創課程探索自我認同與多元職涯的可能性、用獨木舟、SUP等海洋課程,讓身為澎湖好海子的孩子們,以親海為始、愛海為終,型塑孩子們海洋之子的生活素養,期許所有孩子能透過學習找到自我的角色與定位,勇敢面對自己未來的人生。